സിബിഐ തലപ്പത്തെ തമ്മിലടി അതിരൂക്ഷമാകുന്നതിനിടെ, രാകേഷ് അസ്താനക്കെതിരെ അന്വേഷണം നടത്തിയ ഉദ്യോഗസ്ഥർക്ക് ഉൾപ്പെടെ വ്യാപകസ്ഥലം മാറ്റം. സിബിഐ ഡയറക്ടര്‍ അലോക് വർമയെ ഡയറക്ടർ സ്ഥാനത്തു നിന്ന് നീക്കി പകരം സി.ബി.ഐ ജോയിന്‍റ് ഡയറക്ടർ സ്ഥാനത്തുള്ള എം.നാഗേശ്വർ റാവുവിന് മേധാവിയുടെ ചുമതല നല്‍കി.
12 ഉദ്യോഗസ്ഥരെയാണ് സ്ഥലം മാറ്റിയത്. അസ്താനക്കെതിരെ കേസന്വേഷിക്കുന്ന ഉദ്യോഗസ്ഥരെയെല്ലാം മാറ്റി.അന്വേഷണ ഉദ്യോഗസ്ഥൻ അജയ് ബസിയെ പോർട്ട് ബ്ലെയറിലേക്ക് മാറ്റി.സിബിഐ മേധാവി അലോക് കുമാര്‍ വര്‍മയുെടയും ഉപമേധാവിയുടെയും ഓഫീസ് അടച്ചൂപൂട്ടി. സിബിഐ ആസ്ഥാനത്തെ 10 , 11 നിലകള്‍ സീല്‍ ചെയ്തു.പ്രധാനമന്ത്രി നരേന്ദ്ര മോദി അടിയന്തരമായി വിളിച്ചു ചേർത്ത കേന്ദ്രമന്ത്രിസഭയുടെ നിയമനകാര്യ സമിതിയുടേതാണ് തീരുമാനം. സ്പെഷൽ ഡയറക്ടർ രാകേഷ് അസ്താനയോട് അവധിയില്‍ പോകാനും നിര്‍ദേശിച്ചു. അസ്താനയെ ചോദ്യംചെയ്യും. ആരോപണങ്ങള്‍ അന്വേഷിക്കാന്‍ പ്രത്യേകസംഘവും രൂപീകരിച്ചു. അലോക് വര്‍മയും അസ്താനയുമായുള്ള ഉള്‍പ്പോരിനെത്തുടര്‍ന്നാണ് തീരുമാനം. മാറ്റിയതിനെതിരെ അലോക് വര്‍മ സമര്‍പ്പിച്ച ഹര്‍ജി സുപ്രീംകോടതി മറ്റന്നാള്‍ പരിഗണിക്കും. ആരോപണവിധേയര്‍ തുടര്‍ന്നാല്‍ അന്വേഷണങ്ങള്‍ സുതാര്യമാവില്ലെന്ന കേന്ദ്ര വിജിലന്‍സ് കമ്മീഷന്‍ ഇടപെടലിനെത്തുടര്‍ന്നാണ് അഴിച്ചുപണി. റഫാൽ അഴിമതി അന്വേഷിക്കാൻ അലോക് വർമ ആഗ്രഹിച്ചിരുന്നുവെന്നും, വര്‍മയെ മാറ്റിയത് അന്വേഷണം അട്ടിമറിക്കാനാണെന്നും സുപ്രീംകോടതി അഭിഭാഷകന്‍ പ്രശാന്ത് ഭൂഷണ്‍ ആരോപിച്ചു.
ഡയറക്ടറായിരുന്ന അലോക് വർമ്മയും സ്പെഷൽ ഡയറക്ടർ രാകേഷ് അസ്താനയും തമ്മിലുള്ള ചേരിപ്പോര് അന്വേഷണ ഏജൻസിയുടെ വിശ്വാസ്യത തകർക്കുന്ന നിലയിലെത്തി. രാകേഷ് അസ്താനയോട് ചുമതലകളിൽ നിന്ന് മാറി നിൽക്കാൻ നിർദേശിച്ചിട്ടുണ്ട്. വ്യവസായിയിൽ നിന്ന് അഞ്ചുകോടി രൂപ കൈക്കൂലി വാങ്ങിയെന്ന ആരോപണത്തിൽ രാകേഷ് അസ്താനയ്ക്കെതിരെ സിബിഐ തന്നെയാണ് കേസെടുത്തത്. അറസ്റ്റു പാടില്ലെന്ന് കോടതി നിർദേശിച്ചിട്ടുണ്ട്.