27 വർഷങ്ങൾക്കിപ്പുറം സിസ്റ്റർ അഭയ കൊലക്കേസിൽ വിചാരണയ്ക്ക് തുടക്കമായി. കേസിലെ സാക്ഷി സിസ്റ്റര് അനുപമ വിചാരണവേളയില് കൂറുമാറി. ഒന്നും കണ്ടിട്ടില്ലെന്നാണ് വിസ്താരവേളയില് അനുപമ കോടതിയില് അറിയിച്ചത്. സിസ്റ്റര് അഭയയുടെ ചെരുപ്പും ശിരോവസ്ത്രവും അടുക്കളയില് കണ്ടെന്നായിരുന്നു സിസ്റ്റര് അനുപമ നേരത്തെ മൊഴി നല്കിയിരുന്നത്. തിരുവനന്തപുരം പ്രത്യേക സി.ബി.ഐ കോടതിയിലാണ് വിചാരണ. ഒന്നാം പ്രതി തോമസ് കോട്ടൂര് മൂന്നാം പ്രതി സിസ്റ്റര് സ്റ്റെഫി എന്നിവരാണ് പ്രതികൾ.
1992 മാർച്ച് 27 നാണ് കോട്ടയം പയസ് ടെന്ത് കോണ്വെന്റിലെ കിണറ്റില് സിസറ്റര് അഭയയെ മരിച്ച നിലയില് കണ്ടെത്തിയത്. 1993 മാർച്ച് 29 ന് കേസ് സി.ബി.ഐ ഏറ്റെടുത്തു. പത്ത് വര്ഷം മുന്പ് കേസില് സി.ബി.ഐ കുറ്റപത്രം സമര്പ്പിച്ചെങ്കിലും നിയമക്കുരുക്കുകള് കാരണം പലതവണ മാറ്റിവെച്ച വിചാരണയാണ് ഇന്ന് ആരംഭിക്കുന്നത്. ഫാ തോമസ് കോട്ടൂർ, ഫാ ജോസ് പുതൃക്കയിൽ, സിസ്റ്റർ സെഫി എന്നിവരെ പ്രതിയാക്കിയാണ് സി.ബി.ഐ കുറ്റപത്രം നൽകിയത്. എന്നാൽ വിചാരണ നടപടികളില്ലാതെ തന്നെ ഫാ. ജോസ് പുതൃക്കയിലിനെ സി.ബി.ഐ കോടതി കുറ്റവിമുക്തനാക്കുകയായിരുന്നു.
രണ്ട് ഘട്ടമായി നടന്ന അന്വേഷണത്തിൽ 177 സാക്ഷികളാണുള്ളത്. ഒന്നാം പ്രതി തോമസ് കോട്ടൂരിന്റെയും മൂന്നാം പ്രതി സിസ്റ്റര് സ്റ്റെഫിയുടെയും വിടുതല് ഹര്ജികള് ഹൈക്കോടതി തള്ളിയതിന് പിന്നാലെയാണ് വിചാരണ വേഗത്തില് ആരംഭിക്കാന് ഹൈക്കോടതി നിര്ദേശം നല്കിയത്. ആദ്യം ലോക്കൽ പോലീസും പിന്നീട് ക്രൈംബ്രാഞ്ചും സി.ബി.ഐയും അന്വേഷിച്ച കേസിൽ സി.ബി.ഐ തിരുവനന്തപുരം യൂണിറ്റാണ് നിർണായക വിവരങ്ങൾ കണ്ടെത്തിയത്.
ലോക്കൽ പോലീസ് 17 ദിവസവും ക്രൈംബ്രാഞ്ച് ഒമ്പതര മാസവും അന്വേഷണം നടത്തി അവസാനിപ്പിച്ച കേസ് 1993 ലാണ് സിബിഐ ഏറ്റെടുത്തത്.