മുഖ്യമന്ത്രിയുടെ ചീഫ് പ്രിന്‍സിപ്പല്‍ സെക്രട്ടറി നളിനി നെറ്റോ രാജിവെച്ചു. പൊളിറ്റിക്കല്‍ സെക്രട്ടറിയുമായുള്ള അഭിപ്രായവ്യത്യാസത്തെ തുടര്‍ന്നാണ് രാജി. നളിനി നെറ്റോ രാജിക്കത്ത് മുഖ്യമന്ത്രിക്ക് കൈമാറി. എന്നാല്‍ തെരഞ്ഞടുപ്പ് കഴിയുന്നതുവരെ തുടരാന്‍ നളിനി നെറ്റോയോട് മുഖ്യമന്ത്രി ആവശ്യപ്പെട്ടിരുന്നു. ഇതേ കണക്കിലെടുക്കാതെ ഉച്ചയ്ക്ക് തന്നെ രാജിക്കത്ത് മുഖ്യമന്ത്രിക്ക് നല്‍കി പദവി ഒഴിയുകയായിരുന്നു.
ലാവ്‌ലിന്‍ കേസില്‍ പിണറായി വിജയനെ വെറുതെ വിട്ട സി.ബി.ഐ കോടതി വിധിക്കെതിരെ അപ്പീല്‍ നല്‍കാനുള്ള യു.ഡി.എഫ് സര്‍ക്കാര്‍ തീരുമാനത്തെ എതിർത്തതോടെയാണ് സി.പി.എമ്മുമായി നളിനി നെറ്റോയുടെ ബന്ധം കൂടുതൽ ശക്തമായത്. പിണറായി വിജയന്‍ മുഖ്യമന്ത്രി പദവി ഏറ്റെടുത്ത ശേഷം ആഭ്യന്തര സെക്രട്ടറിയായിരുന്ന നളിനി നെറ്റോയെ ഓഫീസിലെ പ്രിന്‍സിപ്പല്‍ സെക്രട്ടറിയായി നിയമിച്ചുകൊണ്ട് അതിനുള്ള പ്രത്യുപകാരവും ചെയ്തു. എന്നാൽ നളിനി നെറ്റോയുടെ നിയമനത്തിനെതിരെ പാർട്ടിക്കുള്ളിൽ കടുത്ത വിമർശനങ്ങൾ അന്ന് ഉയർന്നിരുന്നെങ്കിലും അവയൊന്നും മറ നീക്കി പുറത്തുവന്നിരുന്നില്ല.
ആദ്യകാലങ്ങളില്‍ പ്രധാനപ്പെട്ട പല ഫയലുകളും കൈകാര്യം ചെയ്ത നളിനി നെറ്റോയ്ക്ക് പിന്നീട് മുഖ്യമന്ത്രിയുടെ ഓഫീസില്‍ പിടി അയഞ്ഞു തുടങ്ങി. ഇതോടെ ഫയലുകള്‍ ചീഫ് പ്രിന്‍സിപ്പല്‍ സെക്രട്ടറിയുടെ അടുത്തേക്ക് എത്താതായതും നളിനി നെറ്റോയെ ചൊടിപ്പിച്ചിരുന്നു. മുഖ്യമന്ത്രിയുടെ ഓഫീസിലെ പൊളിറ്റിക്കല്‍ സെക്രട്ടറി ഉള്‍പ്പെടെയുള്ള ചിലരുമായുള്ള അഭിപ്രായ വ്യത്യാസമാണ് ഇതിന് കാരണമെന്നാണ് സൂചന.
അതേ സമയം മുഖ്യമന്ത്രിയുടെ ഓഫീസിലെ പല തര്‍ക്കങ്ങളും പരിഹരിച്ചിരുന്നത് എം.വി ജയരാജനായിരുന്നു. എന്നാൽ സി.പി.എം കണ്ണൂര്‍ ജില്ലാ സെക്രട്ടറിയായി തെരഞ്ഞെടുക്കപ്പെട്ടതോടെ മുഖ്യമന്ത്രിയുടെ പ്രൈവറ്റ് സെക്രട്ടറി സ്ഥാനത്ത് നിന്ന് ജയരാജൻ രാജിവെച്ചതും പടിയിറങ്ങാന്‍ നളിനി നെറ്റോയെ പ്രേരിപ്പിക്കുന്ന മറ്റൊരു ഘടകമായി.