എം എസ് എഫ് പ്രവർത്തകനായിരുന്ന അരിയില്‍ ഷുക്കൂറിനെ കൊലപ്പെടുത്താന്‍ നിർദ്ദേശം നൽകിയത് ടി വി രാജേഷ് എം എൽ എ യും ,സി പി എം കണ്ണൂർ ജില്ലാ സെക്രട്ടറി പി ജയരാജനുമെന്ന് സിബിഐ കുറ്റപത്രം. സിബിഐ കുറ്റപത്രത്തിന്‍റെ പകർപ്പിലാണ് ഇരുവരുടെയും പങ്ക് വ്യക്തമാക്കുന്നത്. കൊലപ്പെടുത്താൻ നിർദ്ദേശം നൽകിയത് ടി.വി.രാജേഷും പി.ജയരാജനുമെന്ന് കുറ്റപത്രത്തിൽ വ്യക്തമാക്കുന്നു.
പി.ജയരാജൻ സഞ്ചരിച്ച വാഹനം അക്രമിക്കപ്പെട്ട ശേഷം പിടികൂടിയ ലീഗ് പ്രവർത്തകരെ കൈകാര്യം ചെയ്യാൻ പാർട്ടി പ്രവർത്തകർക്ക് നിർദേശം നൽകി എന്നാണ് സിബിഐ കുറ്റപത്രത്തിൽ പറയുന്നത്. . പെട്ടെന്നുള്ള പ്രകോപനമല്ല കൊലപാതകത്തിന് കാരണമെന്നും കുറ്റപത്രത്തിൽ വ്യക്തമാക്കുന്നു..302, 120 ബി എന്നീ വകുപ്പുകള്‍ അനുസരിച്ചുള്ള കുറ്റങ്ങള്‍ പി.ജയരാജനെതിരെ ചുമത്തിയാണ് തലശ്ശേരി സെഷൻസ് കോടതിയിൽ കുറ്റപത്രം സമർപ്പിച്ചത്.2012 ഫിബ്രുവരി 20നാണ് ഷുക്കൂർ കൊല്ലപ്പെടുന്നത്.24 പേരാണ് അനുബന്ധ കുറ്റപത്രത്തിൽ സാക്ഷികളായുള്ളത്.. ഇതിൽ ഷുക്കൂർ കേസ് അന്വേഷിച്ച പൊലീസുകാരും ഉൾപ്പെടുന്നു.. പൊലീസ് നേരത്തെ സമർപ്പിച്ച കുറ്റപത്രത്തിൽ നിന്ന് വ്യത്യസ്തമായി ഏതാനും ഉദ്യോഗസ്ഥരെ പുതിയ സാക്ഷികളായി കുറ്റപത്രത്തിൽ പറയുന്നുണ്ട്. ആശുപത്രി മുറിയിൽ ഗൂഢാലോചന നടന്നതിന് നാല് സാക്ഷികൾ സിബിഐ സമർപ്പിച്ച കുറ്റപത്രത്തിലുണ്ട്.ഷുഹൈബിന്റെ കൊലപാതകത്തിന് പിന്നിൽ കൃത്യമായ ഗൂഢാലോചനയും ആസൂത്രണവുമുണ്ടെന്നാണ് സിബിഐ തലശ്ശേരി സെഷൻസ് കോടതിയിൽ സമർപ്പിച്ച കുറ്റപത്രത്തിൽ പ്രതിപാദിക്കുന്നത്. ഇതിനിടെ കേസ് കൊച്ചിയിലേയ്ക്ക് മാറ്റാൻ സി.ബി.ഐ കോടതിയെ സമീപിച്ചേക്കും. കേസ് സിബിഐ കോടതിയിലേക്ക് മാറ്റണമെന്ന് ഷുക്കൂറിന്റെ കുടുംബവും വ്യക്തമാക്കിയിരുന്നു. ഇതിനിടെ ഷുക്കൂർ കേസ് നാളെ തലശ്ശേരി ജില്ലാ സെഷൻസ് കോടതി പരിഗണിക്കും